معاون فرهنگی و اجتماعی سازمان اوقاف و امور خیریه اعلام کرده که در ایران ۸۱۵۱ امامزاده وجود دارد. تعداد امام‌زاده‌های ایران بعد از انقلاب ۷ برابر شده است. به گفته حجت‌الاسلام احمد شرفخانی علت افزایش تعداد امامزادهها این است که سازمان اوقاف و امور خیریه آمار و اطلاعات دقیقی از این اماکن گردآوری کرده. دائره‌المعارفی هم درباره امامزادهها در ایران تدوین شده.
احمد شرفخانی، معاون فرهنگی و اجتماعی سازمان اوقاف و امور خیریه به خبرگزاری دانشجویان ایران (ایسنا) گفته است که امام‌زاده‌هایی که در ایران شناسایی شده‌اند، هیچیک جعلی نیستند:
«بخش عمده‌ای از امامزادگان کاملاً شجره‌نامه دارند. اگر برخی از آن‌ها هم شجره‌نامه نداشته باشند یک کتاب تاریخی معتبر، حضور امامزادگان را تأیید می‌کند و یا شهرت محلی و قدیمی که سینه به سینه به ما رسیده است ثابت می‌کند که در این مکان امامزاده بوده است. همچنین قدمت آثار تاریخی و باستانی که در برخی امامزادگان وجود دارد نشان دهنده آن است که این‌ها واقعاً نوادگان ائمه بوده‌اند.»
استان اصفهان از بیشترین تعداد امامزادهها برخوردار است. تنها در شهر خوانسار دو امامزاده وجود دارد. پنج سال پیش یکی از دو امامزاده شهر کشف شد. ماجرا از این قرار بود: شرکت گاز خوانسار در یکی از خیابان‌های قدیمی شهر مشغول حفاری بود که به مقبره‌ای قدیمی با تخته‌سنگ‌های بزرگ برخورد. این ماجرا به قصه‌‌ها و رویاها و خواب‌های اهالی دامن زد، تا اینکه سرانجام عده‌ای در محل حفاری، در یک خیابان کم‌عرض و در میان یک محل مسکونی بارگاهی ساختند و تابلویی نصب کردند. بعد از مدتی عده‌ای ادعا کردند که از تخته‌سنگ امامزاده خون می‌جوشد. چنین بود که عده‌ای بر سر این تخته سنگ درآمدند. آن‌ها دعا می‌خواندند و سنگ را می‌بوسیدند و زیارت می‌کردند.
سازمان اوقاف با صدور اطلاعیه‌هایی در سال‌های گذشته اعلام کرده که با بهره‌گیری از فهرست اماکن مذهبی چاپ وزارت ارشاد اسلامی تنها مرجع شناسایی امامزادهها در ایران است. با این حال تنها در دو سال گذشته ۷۵ بقعه جعلی در استان گیلان شناسایی شده است. بقعه «قاضیان» در رشت، دو هزار زائر داشت و بقعه «سید صدر» در لاهیجان هم به شفابخشی شهرت پیدا کرده بود تا آن حد که از استان‌های دیگر بیماران برای شفا به این بقعه جعلی مراجعه می‌کردند. خبرگزاری صدا و سیما گزارش داده که تنها در استان گیلان ۹۵۰ بقعه منسوب به ائمه شناسایی شده که هیچیک شجره‌نامه ندارند. برخی از این بقعه‌ها تخریب می‌شوند و از برخی دیگر به عنوان «دارالقرآن» استفاده می‌شود.
معاون فرهنگی و اجتماعی سازمان اوقاف و امور خیریه در آماری که ارائه داده، سویه دیگری از کاربرد امامزادهها در ایران را آشکار کرده است. به گفته احمد شرفخانی در ۲۱۰۰ امامزاده ایران برنامه‌هایی تبلیغی به مناسبت هفته کرامت برگزار می‌شود: گروهی از معممان در این برنامه‌ها به منبر می‌روند و درباره امامزادهها و سجایای آن‌ها سخنرانی می‌کنند. برنامه غبارروبی، برگزاری نمایشگاه‌های مذهبی و آیین‌هایی در تجلیل از کشته‌شدگان ایرانی در جنگ داخلی سوریه (مدافعان حرم) فقط بخشی از این برنامه‌هاست.
امامزاده بیژن که نامش در اثر ضریح‌گردانی در استان مازندران به سر زبان‌ها افتاد و اسباب خنده شد، مصداق امام‌زاده‌های متعدد در ایران است. معاون فرهنگی و اجتماعی سازمان اوقاف و امور خیریه در گفت‌وگو با خبرگزاری دانشجویان ایران گفته که نام این امامزاده غلط ثیت شده و این امر کژتابی‌هایی را به وجود آورده است. او ادعا کرده که بخشی از مخالفت با امامزادهها در ایران به دلیل حمایت وهابی‌ها برای تخریب اسلام است.
